El origen de la carrera de Ingeniería Industrial se remonta al año 2003, cuando la Universidad  Austral de Chile determinó un compromiso estratégico de ampliar su cobertura educativa de Pregrado en el Campus Puerto Montt. De este modo se implementaron en 2004 cinco nuevas carreras: Ingeniería Comercial, Fonoaudiología, Tecnología Médica, Psicología e Ingeniería Civil Industrial, las que se agregaron a las dos ya existentes en el Campus: Ingeniería en Acuicultura e Ingeniería en Computación. El  proyecto Campus Puerto Montt fue aprobado con los siguientes requisitos en su planteamiento curricular: se observó que debía constituir una propuesta innovadora, con un currículo basado en competencias y que incluyese la articulación de bachilleratos, que, en el caso de los estudiantes de las cuatro Ingenierías, correspondía al grado de Bachiller en Ciencia y Tecnología.

El plan de estudios de la carrera fue elaborado por la primera Dirección de Escuela en un trabajo conjunto con las otras escuelas para el Bachillerato en Ciencia y Tecnología. Esta génesis se realiza a partir del estudio de perfiles Industriales y el análisis de los criterios del Colegio de Ingenieros, del Instituto de Ingenieros y del Consejo de Acreditación de Ciencia y Tecnología. En una primera instancia y en coordinación con las carreras de Ingeniería en Computación, Ingeniería en Acuicultura e Ingeniería Comercial se trabajó y elaboró la propuesta de los dos años comunes de bachillerato quedando el área disciplinar del bachillerato a cargo de cada escuela, incluyendo en esa área los ramos propios de las especialidades. Posterior a este trabajo, se elaboró la malla curricular de la Licenciatura de la carrera.

Por tanto, la carrera de Ingeniería Civil Industrial  de la Universidad Austral de Chile abre sus puertas en marzo del año 2004, ofreciendo una propuesta curricular con 12 semestres de duración, compuesta por un Ciclo de Bachillerato en Ciencia y Tecnología (4 semestres), un Ciclo de Licenciatura (4 semestres) y un Ciclo de Titulación (4 semestres). Los cupos ofertados vía ingreso PSU fueron un total de 50, los que se han incrementado a un total de 70 en 2012, debido a la alta demanda de la carrera.

Esta carrera inicia su proceso formativo con 46 estudiantes, quienes comenzaron sus clases en las dependencias del Campus Puerto Montt. A medida que avanzó el tiempo y aumentó el número de asignaturas de la carrera se fueron contratando los docentes que serían responsables de la formación de los estudiantes en el área disciplinar.

El año 2007 hubo un cambio en la Dirección de Escuela, realizándose además la contratación de 2 Ingenieros Civiles Industriales adicionales a la Escuela.  A partir de ese año, comenzaron a realizarse contrataciones anuales hasta completar el año 2009 una planta académica de 6 Ingenieros Civiles Industriales.

El año 2007 se realizó la primera gira industrial, en la cual participaron 19 estudiantes y 3 profesores de la Escuela.  En esta ocasión, fueron visitadas la División El Teniente de CODELCO y 7 empresas de la Región del Bío Bío con el propósito de acercar a los estudiantes a procesos industriales no existentes en la Región de Los Lagos.

Durante el verano de 2008, los estudiantes comenzaron a desarrollar su prácticas profesionales, mayoritariamente, en empresas de la zona, por un período de 180 horas cronológicas, desarrolladas bajo la jornada normal de trabajo.  Estas prácticas, fueron gestionadas por los estudiantes o conseguidas con el apoyo de las redes de contacto de los profesores de la Escuela.

El año 2008 se implementó un laboratorio de computación con software de última generación habilitado para trabajar en simulación de procesos.  Este laboratorio es de uso exclusivo de estudiantes de Ingeniería Civil Industrial. Ese mismo año se firmaron convenios con el Programa Territorial Integrado de los Mitílidos y  con Fondo Esperanza para el desarrollo de actividades académicas, tanto a nivel de pregrado como para asesoría técnica y continuación de estudios.

Durante el año 2009, la Ilustre Municipalidad ad de Puerto Montt solicitó a la Vicerrectoría de Sede el desarrollo del proyecto GEO Puerto Montt del Programa de Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA).  Este proyecto fue desarrollado por la Escuela de Ingeniería Civil Industrial, cuyos resultados fueron publicados durante el año 2010.

A fines del año 2009, se tituló la primera promoción de estudiantes de la carrera, con un total de 15 nuevos profesionales.

El año 2010 correspondió realizar un nuevo cambio de Dirección de Escuela, asumiendo funciones la actual Directora.

El año 2011 se autorizó el perfeccionamiento de 2 profesores de la Escuela, quienes se encuentran en la ciudad de Santiago desarrollando sus programas de doctorado en las áreas de operaciones y gestión.  Este mismo año, la Escuela organizó el 4º Simposio Internacional de Ingeniería Industrial que contó con la participación de asistentes y expositores de 4 países latinoamericanos.  Este año, también se formó parte del Ejercicio Internacional Cooperación I, organizado por la FACH en conjunto con Fuerzas Aéreas internacionales mediante la participación de profesores y estudiantes de nuestra Escuela.

Sin duda, el posicionamiento de la carrera de Ingeniería Civil Industrial en la zona ha sido reconocido por los estudiantes que ingresan a su primer año de universidad, lo que se refleja en el número creciente de matriculados que tiene la carrera año a año.

La dotación académica propia de la Escuela de Ingeniería Civil Industrial está compuesta por nueve Ingenieros Civiles Industriales, un Ingeniero Metalúrgico, y una Socióloga. Prestan también servicios docentes a esta Escuela profesores de otras unidades de la Sede Puerto Montt como son el Centro de Docencia Superior en Ciencias Básicas, Instituto de Acuicultura, Escuela de Ingeniería en Computación, Escuela de Ingeniería Comercial, Escuela de Ingeniería en Información y Control de Gestión así como de la Dirección Académica a través de los Talleres de Formación General y el área de Lenguaje y Comunicación.

Al año 2012 la Escuela de Ingeniería Civil Industrial tiene un total de 380  alumnos matriculados,  desde primero a sexto año y está ad portas de egresar a 40 nuevos ingenieros civiles industriales que se encuentran cursando su último año de carrera, los que se sumarían a los ya 48 titulados de esta casa de estudios.